医学工程技术学院组建于2003年，2004年开设第一个专业信息管理与信息系统；2008年开设生物医学工程专业；2021年开设全国首个生物医药数据科学专业，2022年获批生物医学工程一级学科硕士点。建院以来，学院共培养了4000余名优秀医工交叉人才，为边疆少数民族地区社会稳定、经济发展、文化繁荣、医疗服务、人才培养、科学研究、民生福祉、边疆巩固做出了重要贡献。

学院坚持医工交叉、医理融合、服务医疗的办学理念，目标建设成为西部地区一流、国内有一定知名度和影响力的医工交叉学院。近年来，医学工程技术学院一步一个脚印，几十年如一日为医学教育事业服务，成为新疆医工人才培养与科学研究的重要基地。经过多年的薪火相传，学院在党建引领、教育教学、科学研究、人才培养和社会服务等方面深度融合、全面发展。学院2018年获批“全国党建工作样板支部”，2021年获“自治区先进基层党组织”、“自治区高校党组织‘对标争先’党建工作标杆院系”。

学院以生物医学工程专业为基础，积极发展信息管理与信息系统和生物医药数据科学专业。学科交叉特色明显，多学科融合协调发展，不但拥有学校医学教育的师资与科研条件，同时也具备工科及相关学科的师资队伍及实验设施，便于学科间知识的转化与融合，实现交叉创新。

学院设教研室7个（数学教研室、计算机软件教研室、计算机应用教研室、信息科学教研室、医用物理教研室、医用电子教研室、生物医学工程教研室），实验中心2个（物理实验中心、计算机实验中心），研究机构2个（生物医学工程研究所、生物医药大数据研究中心）。学院现有教职工78人，其中教授11人，副教授15人；博士生导师5人、硕士生导师30人、高级实验师6人。

学院现有生物医学光学、医学大数据、生物信息、医学图像处理等五个研究团队，已建成我区首个生物医学光学平台。近三年，院获国家自然科学基金项目10项。省部级项目38项。发表科研论文152篇，其中SCI收录68篇、核心期刊65篇。荣获新疆维吾尔自治区科技进步二等奖1项，自治区优秀科技论文奖2项。

学院立足新疆，面向全国，培养德才兼备、基础扎实、善于实践、勇于创新、综合素质高、社会责任感强的医工交叉应用研究型人才。我们将高举习近平新时代中国特色社会主义思想伟大旗帜，深入学习贯彻党的二十大精神，完整准确贯彻新时代党的治疆方略，紧紧围绕新疆医科大学党委中心工作，肩负“健康中国”战略历史使命，不忘初心、矢志奉献，努力培养好党和国家满意的医工交叉人才，为建设新时代中国特色社会主义新疆贡献力量。